Die Kirchengemeinde Bugenhagen - Groß Flottbek ist am 1. Januar 2002 aus dem Zusammenschluss der Kirchengemeinden Groß Flottbek und der Kirchengemeinde Bugenhagen entstanden.

Die Kirchengemeinde Groß Flottbek entstand am 1. April 1908 aus der Kirchengemeinschaft Nienstedten zu einer Zeit, als Groß Flottbek noch ein eigenständiges Elbdorf war. Die Groß Flottbeker Kirche wurde 1912 eingeweiht. Es war das Bestreben ihrer Erbauer, in ihrer Architektur den ländlich-dörflichen Charakter ihrer Umgebung zum Ausdruck zu bringen.

Die Bugenhagengemeinde entstand 1960 aus Teilen der Kirchengemeinden Groß Flottbek, Lurup und Osdorf. Die Bugenhagenkirche wurde 1964/65 erbaut. Außen ragt ein frei stehender Turm in den Himmel. Im Innenraum dominiert das gewaltige Kreuz. Ab Dezember 2007 wurde die Bugenhagenkirche die erste Jugendkirche in Nordelbien.

Die heutige Gemeinde umfasst ungefähr das Gebiet des alten Elbdorfes Groß Flottbek, das nicht identisch ist mit den Grenzen des heutigen Stadteils Groß Flottbek.

Die Groß Flottbeker Kirche ist grundsätzlich auch außerhalb der Gottesdienste zur Besichtigung und Besinnung geöffnet:

Dienstag bis Freitag von 9 bis 12 Uhr (Seiteneingang beim Kirchenbüro)
Freitag und Sonnabend von 15 bis 18 Uhr
Sonntag nach dem Gottesdienst bis 18 Uhr